La banda de rock B’z, que ya ha participado varias veces tanto en películas como en el anime principal de la franquicia, interpretará el tema principal de la película, titulado "Sekai wa Anata no Iro ni Naru". En ella aparecerán los miembros de la Organización de los Hombres de Negro que ya han salido en la serie de televisión: Gin, Vodka, Vermouth, Chianti, Korn, Kir y Bourbon. También aparecerá Rum, personaje que nunca ha aparecido en la serie.
En una noche oscura, la policía japonesa es asaltada por un espía. Los archivos secretos de agencias de inteligencia de diferentes países (entre ellas la MI6 de Reino Unido o la CIA de Estados Unidos) están a punto de caer en sus manos, pero un grupo de agentes de seguridad pública liderados por Tooru Amuro llegan justo a tiempo. El espía roba un coche y consigue escapar, pero Amuro lo persigue, dando comienzo a una persecución en la autopista. Justo cuando esta está a punto de causar un accidente múltiple, una bala del rifle del agente del FBI Shuichi Akai alcanza el coche del espía, cayendo fuera de la autopista.
Al día siguiente, Conan y sus amigos visitan un acuario que acaba de ser reformado en Tokio. Bajo la atracción principal, una enorme noria, Conan se encuentra con una atractiva mujer que resulta estar sola y herida, mostrando unos ojos de diferente color. Al parecer, esta mujer tiene amnesia y no recuerda ni su propio nombre, y el teléfono móvil que lleva con ella está roto. Conan y sus amigos prometen ayudarla a recuperar sus recuerdos, por lo que deciden quedarse a su lado.
Mientras tanto, Vermouth observa todo desde las sombras. Después, activa un silenciador y habla por un intercomunicador: "Todo transcurre según lo planeado, Gin".
